Undanfarin ár hefur ýmislegt verið gert í umhverfismálum á svæðum þjóðgarðsins, bæði fyrir og eftir stofnun hans. Eftir stofnun og með úttektinni er sýnt að skipulegar og samræmdar verði unnið með þau mál. Eftirfarandi eru dæmi af umhverfisstarfi þjóðgarðsins:

• Úrgangsflokkun – flokkun úrgangs hefur verið í mótun og með ýmsum hætti en sumarið 2010 voru sett upp ný flokkunarítlát úrgangs í Skaftafelli sem unnið var sérstaklega fyrir þjóðgarðinn. Í nýja kerfinu er gert ráð fyrir fimm flokkum. Gert er ráð fyrir að þessi flokkun muni vera á öðrum áfangastöðum innan þjóðgarðsins.

• Vistvæn gestastofa – Snæfellsstofa var opnuð í júlí 2010 og er gestastofa austursvæðis þjóðgarðsins. Gestastofan er fyrsta vottaða vistvæna bygging landsins. Hún er byggð samkvæmt umhverfisstaðlinum BREEAM sem gerir kröfur um notkun á vistvænum byggingarefnum og byggingaraðferðum, minni orkunotkun, meiri endingu og minna viðhaldi, til að stuðla að vistvænum byggingum og umhverfi. Meðal annars eru notuð byggingarefni úr nánasta umhverfi, lerki, gras á þaki og hleðslur úr heimafengnu grjóti.

• Starfsmannahjól – notast er við hjól á tjaldsvæðum í Jökulsárgljúfrum og Skaftafelli í stað bíla þegar það er mögulegt.

• Vistvæn innkaup – eingöngu er keyptur inn umhverfismerktur salernispappír, pappír, hreinlætisvörur og prentþjónusta.

• Þátttaka í VAKANUM – VAKINN er gæða og umhverfiskerfi ferðaþjónustunnar. Hann felur í sér viðameiri úttekt á starfsemi íslenskra fyrirtækja í ferðaþjónustu en áður hefur þekkst hér á landi. Þeir aðilar sem óska eftir þátttöku í VAKANUM þurfa að uppfylla ýmsar kröfur um gæði þjónustunnar og öryggi, jafnt fyrir starfsfólk og viðskiptavini. Vatnajökulsþjóðgarður fékk viðurkenningu í gæðakerfi VAKANS og gullmerki, hæstu mögulegu flokkun í umhverfiskerfi hans.