Vatnajökulsþjóðgarður á mikið undir því að góð samskipti séu milli þeirra fjölmörgu sem njóta gæða hans. Forsenda þess er gagnkvæmur skilningur á afstöðu mismunandi hópa sem dvelja í garðinum. Mikilvægt er að kynna stefnu og starfsemi þjóðgarðsins vel, fræða fólk um hvernig það getur haft áhrif og að það sjái árangur af framlagi sínu. Gott og skilvirkt samstarf skilar aðilum síauknum árangri og eflir þjóðgarðinn. Þannig fara hagsmunir allra saman.
Við stofnun Vatnajökulsþjóðgarðs var gerður samningur við Umhverfisstofnun. Í samningnum er kveðið á um að Vatnajökulsþjóðgarður annist rekstur nokkurra friðlýstra svæða utan þjóðgarðs. Síðan þá hafa nokkur þessara svæða sameinast þjóðgarðinum en þau sem samningurinn nær enn yfir eru: Lónsöræfi, Herðubreiðarfriðland og Kringilsárrani.
Auk reksturs þessara svæða eru vestursvæði þjóðgarðsins og Umhverfisstofnun í samstarfi um landvörslu og upplýsingagjöf á suðurhálendinu. Landverðir beggja stofnana sinna sameiginlega upplýsingagjöf í Hálendismiðstöðinni í Hrauneyjum og sinna reglubundinni vegalandvörslu á aðkomuleiðum inn á vestursvæði þjóðgarðsins og inn í Friðland að Fjallabaki.
Þjóðgarðurinn á einnig í formlegu samstarfi við Fljótsdalshrepp um landvörslu við Hengifoss þrjá mánuði á ári.
- Aðild að stjórn Nýheima þekkingarseturs á Hornafirði – samstarfsflötur fyrir fagstofnanir og aðila í héraði.
- ASCENT, evrópskt samstarfsverkefni um þróun og eflingu fagþekkingar í náttúruvernd, styrkt af norðurslóðaáætlun Evrópusambandsins (NPA) Á vegum þessa verkefnis hafa starfsmenn þjóðgarðsins sótt námskeið í stígagerð, grjóthleðslu og stýringu ferðamanna, bæði utan og innan landsteinana.
- Áfangastaðaáætlanir (DMP).
- Viljayfirlýsing með Landmælingum Íslands á sviði korta- og landupplýsingamála
- Sett var upp hleðslustöð við Jökulsárlón í samstarfi við Orku náttúrunnar
- CINE – Tenging náttúru- og menningarminja í umhverfi Norðurslóða
- CLIMATE – Verkefni styrkt af norðurslóðaáætlun Evrópusambandsins (NPA). Suðursvæði þjóðgarðsins ásamt Náttúrustofu Suðausturlands. 3 ára verkefni sem hófst 2017
- Markaðsstofa Norðurlands: Norðurstrandarleið (Arctic Coast Way).
- Safe travel
- „Vinnuhópur um merkingar” starfaði á vegum Stjórnstöðvar ferðamála og kom Vatnajökulsþjóðgarður að þeirri vinnu auk aðila úr faginu
- Samstarfshópur INR og UAR um eflingu fagþekkingar, hönnunar og samræmingar við uppbyggingu innviða á ferðamannastöðum
- Vatnajökulsþjóðgarður er aðili að EUROPARC
- Samstarf við Umhverfisstofnun og Þjóðgarðinn á Þingvöllum um ýmis tengd verkefni s.s. landvörslu, klæðnað, öryggisnámskeið, sjálfboðaliða, landvörslunámskeið ofl.
- Samstarfi við Landgræðsluna varðandi ýmis mál og hýsing starfsmanns þeirra í Gljúfrastofu
- Samstarf við Ferðafélag Íslands um mannvirki á hálendinu ofl.
- Samstarf við Þjóðgarðstofnun Bandaríkjanna um fræðslu ofl.
- Samstarf við Samtök ferðaþjónustunnar um ýmis málefni
- Samstarf við þau sveitarfélög sem eiga lögsögu í þjóðgarðinum um ýmis verkefni
- Samstarf við Rögnvald Ólafsson og Gyðu Þórhallsdóttur um talningar á ökutækjum og ferðamönnum í Vatnajökulsþjóðgarði
Vatnajökulsþjóðgarður er jafnframt þátttakandi í eftirfarandi verkefnum:
CINE (Connected Culture and Natural Heritage in the Northern Environment) er samstarfsverkefni níu aðila og tíu aukaaðila frá Noregi, Íslandi, Írlandi og Skotlandi sem fjallar um stafræna skráningu og miðlun menningararfs. Verkefninu er stýrt af Museum Nord í Norður-Noregi og fjármagnað af Norðurslóðaáætlun (NPA) Evrópusambandsins (Northern and Arctic Periphery Programme (ERDF). Íslenskir aðilar að CINE eru: Gunnarsstofnun og Locatify. Með aukaaðild eru: Minjastofnun Íslands, Vatnajökulsþjóðgarður, Óbyggðasetur Íslands og Fljótsdalshreppur.