Landslag undir Vatnajökli hefur verið kortlagt markvisst frá því um 1980 með íssjármælingum á vegum Háskóla Íslands. Íssjáin er dregin af snjóbíl eða snjósleða og mælir samfelld snið með því að senda rafsegulbylgjur (með tíðni útvarpsbylgna) niður gegnum jökulinn. Ferðatími bylgnanna er mældur og þannig er hægt að reikna út þykkt íssins. Mælilínurnar eru lagðar með 200−1000 m millibili og eru samtals um 10.000 km að lengd. Punktmælingar hafa einnig verið gerðar á sprungnum svæðum svo sem á jökulsporðum og utan í Öræfajökli. Kort af botninum eru síðan teiknuð með því að brúa á milli mælilínanna. Rannsóknir á landslagi undir jöklum hafa gildi fyrir almannavarnir og vegagerð, þar sem háupplausnarkort af botninum sýna legu og lögun eldstöðva og vatnslóna á jarðhitasvæðum undir jökli, vatnasvið jökuláa og rennslisleiðir jökulhlaupa. Mat hefur fengist á ísforða sem er bundinn í jöklum. Undir flestum skriðjöklanna sem ganga út frá sunnanverðum Vatnajökli eru djúpir dalir sem ná allt 260 m undir sjávarmál.

Íssjármælingar í Grímsvötnum. Ljósmynd: Snævarr Guðmundsson, 2012.

Íssjá dregin af vélsleða. Ljósmynd: Ágúst Þór Gunnlaugsson.