Vatnajökull liggur að hluta yfir gosbeltinu og jökullinn hylur sjö megineldstöðvar að miklu eða öllu leyti, þar á meðal fjórar af þekktustu og virkustu eldstöðvum landsins, Grímsvötn, Bárðarbungu, Kverkfjöll og Öræfajökul. Jökullinn hefur mikil áhrif á gos úr þessum eldstöðvum og jarðmyndanir sem þau skilja eftir sig. Eldgos undir jökli eru með mikla sprengivirkni vegna snertingar gosefnanna við vatn og ís. Sundruð gosefnin límast fljótt saman í þursaberg eða móberg fyrir tilverknað hita og raka á gosstaðnum. Móbergsfjöll og hryggir eru jarðmyndanir sem einkenna gosbeltið á Íslandi en eru sjaldgæfar annars staðar í heiminum. Í Gjálpargosinu í Vatnajökli árið 1996 myndaðist 7 km langur móbergshryggur sem nú er hulinn ís. Stærstur hluti móbergsmyndunarinnar á Íslandi varð til á kuldaskeiðum ísaldar þegar þykkur jökull lá yfir landinu.

Vatn sem stíflast upp þegar jökulísinn bráðnar við eldgos getur valdið kraftmiklum jökulhlaupum sem skapa hættu í nærliggjandi byggð. Eldgos og jökulhlaup frá bröttum eldfjöllum sem hulin eru jökli eins og Öræfajökull geta leitt til óstöðugleika í sjálfum jöklinum þannig að hluti hans fellur niður hlíðina eins og skriða og staðnæmist ekki fyrr en á jafnsléttu. Greinileg ummerki slíkra hamfara af völdum eldgosa árin 1362 og 1727 er að finna undir Öræfajökli.

Landslag undir Vatnajökli. Heimild: Jöklahópur Jarðvísindastofnunar Háskólans, Björnsson (2009).

Gjálpargosið 1996. Ljósmynd: Magnús Tumi Guðmundsson.

Hlaupfarvegur úr Grímsvötnum, 7. nóvember 1996. Ljósmynd: Oddur Sigurðsson.

Gengið niður í Grímsvötn, ári eftir eldgosið 2011. Ljósmynd: Hrafnhildur Hannesdóttir, 6. júní 2012.

Rannsóknavinna í Grímsvötnum, ári eftir eldgosið 2011. Ljósmynd: Hrafnhildur Hannesdóttir, 8. júní 2012.