Efni og uppbygging
Meginhluti þessarar Stjórnunar- og verndaráætlunar lýsir stefnu stjórnar þjóðgarðsins, að mestu án vísunar til einstakra rekstrarsvæða eða staðbundinna viðfangsefna. Í upphafi er gerð grein fyrir ýmsum atriðum sem mynda bakgrunn og forsendur þjóðgarðsins, til dæmis varðandi aðdraganda að stofnun hans, lagaumhverfi og tengsl við aðrar áætlanir. Einnig er þar að finna almenna lýsingu þjóðgarðsins og verndarflokkun samkvæmt flokkun Alþjóða náttúrverndarsamtakanna, IUCN. Því næst kemur stefna þjóðgarðsins.
Framtíðarsýn þjóðgarðsins er sett fram í þremur þáttum: að vernda, viðhalda og þróa, að upplifa og að skapa. Hlutverk þjóðgarðsins er skilgreint, sem og leiðarljós sem ætlað er að ramma inn meginreglur sem hafa ber í heiðri við ákvarðanatöku um málefni þjóðgarðsins og loks eru sett fram markmið í starfi þjóðgarðsins. Meginmarkmið eru þrjú og greinast á sama hátt og framtíðarsýnin. Undir hverju meginmarkmiði eru svo sett fram fleiri starfsmarkmið sem eru rammi um einstök verkefni stjórnar og rekstrarsvæða sem tiltekin verða í aðgerðaáætlun í samræmi við fjárlagaheimildir eða aðrar forsendur.
Í framhaldi af almenna stefnuhlutanum koma kaflar um mat á verndargildi þar sem lýst er forsendum fyrir mati á verndargildi náttúrunnar og menningarminja í Vatnajökulsþjóðgarði. Þungavigtarkafli er síðan um landnotkun þar sem sett er fram stefna þjóðgarðsins um nýtingu lands og annarra gæða. Kaflinn inniheldur lýsingu á helstu skilmálum, sem um nýtinguna gilda, til að markmið um verndun náist.
Í lok Stjórnunar- og verndaráætlunarinnar eru kaflar um vöktun og rannsóknir, eftirfylgni og endurskoðun. Loks er umhverfisskýrslan hluti af áætluninni en umhverfisáhrif áætlunarinnar voru metin í samræmi við lög um umhverfismat áætlana nr. 105/2006.
Sérstök athygli er vakin á því að Stjórnunar- og verndaráætlun inniheldur einnig stefnu um markvissa umhverfisstjórnun í innra starfi Vatnajökulsþjóðgarðs og rekstri honum tengdum. Stefna um umhverfisstarf og -verklag í starfsemi þjóðgarðsins sjálfs er þannig samofin heildarstefnu og markmiðum sem tíunduð eru í Stjórnunar- og verndaráætlun. Er þar meðal annars byggt á umhverfisúttekt sem unnin var með starfsfólki þjóðgarðsins.