Áfangastaðir
Jökulsárgljúfur eru fjölsóttasti áfangastaður norðursvæðis Vatnajökulsþjóðgarðs; þar eru að finna fjölmörg náttúruundur og eru Ásbyrgi, Dettifoss og Hljóðaklettar líklega þeirra þekktust. Fyrir þá sem leggja leið sína á hálendi norðursvæðisins eru Askja og Herðubreiðarlindir helstu áfangastaðir.
Austursvæði Vatnajökulsþjóðgarðs tilheyrir hálendið við norðaustanverðan Vatnajökul. Snæfell er hæsta fjall landsins utan jökla og er það innan þjóðgarðsmarka. Kverkfjöll eru líka innan marka þjóðgarðsins en Hvannalindir eru friðlýst svæði í umsjá Vatnajökulsþjóðgarðs.
Skaftafell er fjölsóttasti áfangastaður suðursvæðis Vatnajökulsþjóðgarðs. Þaðan leggja flestir leið sína að Skaftafellsjökli og Svartafossi, en einnig er vinsælt að ganga í Morsárdal og á Hvannadalshnjúk. Í samvinnu við heimamenn er Vatnajökulsþjóðgarður að byggja upp aðstöðu fyrir gesti á Heinabergssvæðinu og í Hoffelli. Lónsöræfi eru friðlýst svæði í umsjá Vatnajökulsþjóðgarðs.
Helstu áfangastaðir vestursvæðis eru á hálendinu við vestanverðan Vatnajökul. Laki er líklega þeirra þekktastur en einnig fara margir í Jökulheima og Nýjadal.